工程审计的实施负责部门没有统一的单一主体，会根据项目的资金属性、建设主体、规模等级的不同，对应不同的法定责任部门，各主体之间权责边界清晰，形成“政府法定审计+内部自主管控+第三方专业支撑”的完整体系。

　　政府投资公共项目：国家审计机关法定主导

　　使用中央或地方财政资金的基建、市政、公共民生类工程，法定由‌各级审计局(审计厅/审计署)‌ 作为第一责任主体实施审计。

　　重大公共项目可由审计机关直接组建专项审计组，全程开展跟踪审计，覆盖从立项到决算全流程。

　　受人力编制限制时，审计机关可通过公开招标委托具备甲级造价咨询资质的第三方机构协助实施，最终审计结果仍由审计机关审定并出具法定审计报告，具备行政法律效力。

　　这类审计除了核查造价真实性，还会重点监督财政资金使用合规性、招投标流程规范性，防范工程领域廉政风险，审计结果直接作为项目资金拨付、资产移交的法定依据。

　　企事业单位自有投资项目：内部审计部门主责

　　国企、民企、高校、医院等单位使用自有资金建设的工程项目，由单位内部的‌审计部(审计处)‌ 作为主责部门独立实施。

　　高校类单位通常会在审计处下设专门的工程审计科，专职负责校内基建、维修改造项目的全流程审计，部分项目在基建主管部门完成一审后，还需由工程审计科开展二次复审，严格把控造价风险。

　　规模较大的企业会在审计部配置专职注册造价工程师、一级建造师，独立完成常规项目的结算审计;重大复杂项目可按规定流程外聘第三方专业机构协助，内部审计部门全程对中介机构的审计质量进行监督复核，最终审定审计结果。

　　这类审计完全服务于单位内部管理目标，核心目的是提升投资效益、堵塞造价漏洞，不受外部行政机关直接干预，具备完全的独立性。

　　市场化商业项目：建设单位自主委托第三方机构

　　完全市场化的地产开发、商业投资类工程项目，建设单位可自主选择实施主体，绝大多数情况下会委托‌具备工程造价咨询资质的第三方中介机构‌ 完成审计。

　　这类机构必须取得住建部门颁发的造价咨询资质，配备足够数量的注册造价工程师，审计完成后出具的结算审核报告，经建设、施工双方共同签字确认后，具备工程结算的法律效力。

　　部分大型地产企业会设置集团层面的成本审计中心，对下属区域公司上报的项目结算进行最终终审，第三方机构的初审结果需经集团内部审计部门复核后才能正式生效。

　　不同实施主体的审计效力和侧重点完全不同，政府审计具备法定行政强制力，内部审计侧重单位内部风控，第三方市场化审计侧重造价专业核定，三者共同构成了国内工程审计的完整实施体系。